Řízení ochrany před povodněmi zabezpečují povodňové orgány. Řízení ochrany před povodněmi zahrnuje přípravu na povodňové situace, řízení, organizaci a kontrolu všech příslušných činností v průběhu povodně a v období následujícím bezprostředně po povodni včetně řízení, organizace a kontroly činnosti ostatních účastníků ochrany před povodněmi. V období mimo povodeň jsou povodňovými orgány – orgány obcí, obecní úřady obcí s rozšířenou působností, krajské úřady, ministerstvo životního prostředí. V období povodně jsou povodňovými orgány – povodňové komise obcí, povodňové komise obcí s rozšířenou působností, povodňové komise krajů a ústřední povodňová komise.

Povodňové orgány obce s rozšířenou působností Židlochovice zabezpečují v rámci svého správního obvodu povodňovou ochranu pro 24 obcí.

Starosta obce s rozšířenou působností zřizuje povodňovou komisi obce s rozšířenou působností a je jejím předsedou. Další členy komise jmenuje ze zaměstnanců obce s rozšířenou působností zařazených do obecního úřadu a zástupců orgánů a právnických osob, které jsou způsobilé k provádění opatření, popřípadě pomoci při ochraně před povodněmi. Povodňový orgán obce s rozšířenou působností je podřízen povodňovému orgánu kraje.

Při vyhlášení krizového stavu podle zákona č. 240/2000 Sb., o krizovém řízení, přejímá řízení ochrany před povodněmi orgán, který je k tomu dle zákona příslušný.